Подрубаю гитару через примочку в линейный вход. Хочется сильно подправить звук по частотам. Есть ли какая-то прога (real time) которая эмулирует эквалайзер?

Их много. Guitar Rig, ReValver, RockAmp. В них есть много чего. В том числе и эквалайзер.