Подскажите, как играть их? Палм вроде глушить правой рукой (кистью) прям у машинки, а вот мёртвые ноты - их как? (они вроде обозначаются x)

Палм-мьют - да, мертвые ноты - левой рукой глушатся струны. Что тут непонятного?

берешь пистолет и стреляешь в ноту - она становится мертвой.

Дело в том, где глушить, потому что можно ненароком попасть на флажолет

Тогда либо глуши там, где натуральных флажолетов нет (т.е. нет звучащих натуральных флажолетов), или как вариант можно еще правой рукой при звукоизвлечении тоже глушить. Например, "American Woman" (то, что Ленни Кравитц переиграл) я именно так и играю (там аккорд А5 глушить надо - на 7м ладу натуральные флажолеты). Как кто еще делает, не знаю, а до этого я сам додумался.

А стоил ли заморачиваться на тему есть там нат.флажолет или нету ? Просто глушишь ноты над самим ладом, а не над порожом, как это обычно и делается.

Каким макаром можно выполнить вместо глушения ладовой рукой нат. флажолет? Нат. флажолет- это не прием глушения над характерными ладами.