Про cd-rom я нашел вроде можно увеличить скорость копирования с CD на жесткий диск, а как с двумя жесткими?

Вручную - выковыриваешь с одного и на другой налепляешь.

повесь их на разные шины

А ты включи для обоих дисков использование каналлов DMA, быстрей пойдет. Включить эту фишку можно в диспетчере устройств в винде.

Да, я фильмы копирую по одному - ручками - так быстрее, чем все разом. А еще - винт себе поставиль SATA