Как можно используя звуковую карту Motu Microbook ІІ разветвить сигнал, чтобы одну линию отправить в ноут для записи гитары без обработок(чистый звук) для последующего реампинга, другую в комбик (+ аналоговые педальки) или процессор для контроля за обработанным(овердрайв и фленжер и т.д.) звуком.

Легко. По ЮСБ - в комп. А в комбик из любого - наушники, майн или лайн аут.

Спасибо, думал о таком варианте, еще советовали спаять Y-образный шнур-разветвитель, что по этому поводу (???)

Можно и так. Можно DI-box.