Эх блин. Не знаток я акустик, но в каментах поднасру.
1) Расслабься
Железные струны стояли девятки - это сопли, врядли они гриф поведут, так что расслабься. Имхо нейлон тянет так же если не сильнее. Можешь даже назад железки поставить если не одну классику играть намерен.
Другой вопрос как девятки на акустике вообще звучать будут

Если очень волнует состояние грифа - зажми первую струну на 1 и 12 ладу и глянь на зазор между струной и порожком 7 лада. если в пределах 1мм то сойдет

Повтори процедуру для 6 струны. Зазор должен быть примерно таким же. Если большая разница - возможно винтом повело, но если играть не мешает, расслабься=)
2)Для чего гитара?
Что именно ты на гитаре играть собираешься? Если блюзы - выкидывай нейлон нафиг.
Если просто дворовые песни то о прогибах не волнуйся. И о строе за 9 ладом тоже.
Прогибы кстати вообще на строй-то не влияют вроде=)
3)Настрой гитару=)
Желательно по нормальному тюнеру.
Или попроси кого на слух настроить=)
Как ты звук для тюнера на сайте снимал? микрофоном встроеным в монитор например?=) Врядли таким образом точно настроишь гитару, вот и не звучит она как надо.
Все в порядке у тебя с инструментом скорее всего